Das ist das, was ich beschrieben hatte..
Du musst also ins Node-RED Backend (<RPI-IP>:1880) und dort importierst du dir irgendwo hin folgenden Code:
[{"id":"36a3b99b9c591983","type":"exec","z":"8a3d660f.83b628","command":"","addpay":"payload","append":"","useSpawn":"false","timer":"","winHide":false,"oldrc":false,"name":"","x":1230,"y":680,"wires":[[],[],[]]},{"id":"5b63900be796379f","type":"function","z":"8a3d660f.83b628","name":"generate new ssh host key","func":"msg.payload = \"sudo rm /etc/ssh/ssh_host* && sudo ssh-keygen -A && sudo systemctl restart sshd\"\nreturn msg;","outputs":1,"noerr":0,"initialize":"","finalize":"","libs":[],"x":1040,"y":680,"wires":[["36a3b99b9c591983"]]},{"id":"bc68c67d7ea4c6e1","type":"inject","z":"8a3d660f.83b628","name":"","props":[{"p":"payload"},{"p":"topic","vt":"str"}],"repeat":"","crontab":"","once":false,"onceDelay":0.1,"topic":"","payload":"","payloadType":"date","x":800,"y":680,"wires":[["5b63900be796379f"]]}]
Dafür ganz rechts oben auf die drei Striche (Hamburger Menü) und auf Import, dann den Code importieren und wieder rechts oben auf den Deploy Button um das Ganze zu übernehmen. Danach kannst du die soeben eingefügte Inject Node auslösen, indem du links auf den kleinen Trigger klickst.
Dadurch werden die alten Host Keys gelöscht, eine neuer erstellt und der sshd.service neugestartet. Dann kannst du dich wieder per ssh mit dem user “pi” (nicht root) und dem Passwort “raspberry” verbinden.
Ansonsten kleiner Tipp: Beschreib das Problem so genau wie möglich, was ist passiert, was willst du erreichen, welche Fehler treten auf… Hättest du den Screenshot mit der Error Meldung von Putty gleich mit angehangen, hätte ich dir das schon in meiner ersten Antwort sagen können. Bzw. hatte @terdt ja ebenfalls Recht mit seiner Vermutung. 
Der root user hat damit übrigens nichts zu tun.